Programme détaillé > Mercredi 27 Mars

Mercredi 27/03 matin : "Reproductibilité expérimentale"

8h45 : Accueil Café

• 9h00 - 9h30  Réplicabilité et reproductibilité en psychologie expérimentale [Dominique Muller, LIP/PC2S, UGA]

Résumé :

Dans cette présentation, nous évoquerons ce que l’on a appelé la crise de la réplication en psychologie et notamment en psychologie expérimentale. Après avoir clarifié la différence que l’on peut faire entre réplicabilité et reproductibilité, nous évoquerons les solutions mises en place depuis maintenant plus de 10 ans en psychologie afin d’améliorer ces deux aspects.

• 9h30 - 10h00 Reproductibilité expérimentale en métabolomique [Estelle PUJOS-GUILLOT, directrice scientifique de la Plate-Forme « Exploration du Métabolisme »MetaboHUB, INRAe]

Résumé :

La métabolomique, dernière-née des sciences omiques, est aujourd’hui un outil de phénotypage puissant en biologie. Elle a démontré sa capacité à fournir des résultats substantiels au sein de diverses communautés en sciences de la vie. Elle a notamment permis de définir avec succès les phénotypes individuels et leurs changements, d’élucider les effets de différents facteurs (par ex. génétique, environnemental, sénescence/vieillissement...), de découvrir des biomarqueurs caractéristiques d’états biologiques particuliers. Cependant, même si les recherches utilisant la métabolomique sont en constante augmentation en santé humaine et biologie végétale/environnementale, son application à très grande échelle est encore limitée en raison de défis technologiques importants à relever, notamment celui de la reproductibilité expérimentale. Nous illustrerons les problématiques de reproductibilité de cette approche, qui est au carrefour de nombreuses disciplines (chimie analytique, biologie, statistiques, bioinformatique…) et ferons un état des lieux des principales avancées et solutions mises en œuvre, mais également les verrous restant à lever.

10h00 - 10h30 Pause - café

• 10h30 - 11h00 Ré-utilisabilité des données : l'exemple de la sismologie dans Epos-France [Jonathan Schaeffer, Isterre, OSUG]
  

Résumé :

Le centre de données sismologique Epos-France est exploité par l'Observatoire des Sciences de l'Univers de Grenoble (OSUG) s'appuyant sur de nombreuses ressources mutualisées de l'UGA. Il héberge et distribue des données d'observation (les plus anciennes datant de 1986) et sont utilisées dans le monde entier (90 millions de requêtes en 2023, 70TB distribués).

Le DC est certifié "Core Trust Seal", il répond donc a de nombreux critères sanctionnant la bonne gestion des données. L'un d'entre eux, représenté par le R dans "FAIR" est la réutilisabilité des données. Nous verrons dans l'exposé ce qui est requis en général pour favoriser la réutilisabilité et comment cela s'applique au domaine de la sismologie.

• 11h00  - 11h30 Reproducibility in  Photon Science [Andrew Goetz, ESRF]
  

Résumé :

This talk will review reproducibility in Photon Science and how FAIR data management is contributing to improve the current situation. The talk will give a review of the situation in Europe based on the recent developments in databases like the Protein Data Bank, the Open Crystallography Database and others. It will review the advances made in the EOSC projects like PaNOSC and data commons like data.panosc.fr. The talk will present guidelines for implementing best practices in reproducibility for different user communities.

11h45 : Buffet dans l'espace convivialité

Mercredi 27/03 après-midi : "Reproductibilité computationnelle"

• 13h30 Café Guix Live  Introduction à la reproductibilité des environnements de calcul : construction de paquets et liens avec Software Heritage [Ludovic Courtès, Inria Bordeaux / Pierre-Antoine Bouttier, Gricad]
• 14h30 Software Heritage and IPOL, a fruitful collaboration toward reproducible research [Miguel Colom-Barco, ENS Paris Saclay]

Résumé :

Software Heritage is an important initiative towards the preservation of all software source code. Indeed, a significant part of the technical and scientific knowledge resides in source code, and therefore it deserves to be perpetually stored and be accessible for all. On the other hand, the IPOL journal  is an open-science and reproducible research journal, where each publication includes a peer-reviewed source code along with the corresponding article. In 2020 Software Heritage and IPOL started fruitful collaboration. In this short talk I will briefly present both Software Heritage and IPOL and explain how this collaboration means an important step towards reproducibility.

• 15h00 Tutoriel : Dépôt d’un package R sur Software Heritage et référencement sur HAL [Florent Chuffart, IAB]

Résumé :

R est à la fois un langage de programmation statistique et une implémentation logicielle du langage. Outre sa grande communauté, le succès du logiciel et l’essor du langage reposent sur son mécanisme d’extension appelé *package*. Les packages R contiennent du code, des données et de la documentation dans un format standardisé. Ils peuvent être installés par les utilisateurs à partir de référentiels centralisés tels que CRAN et Bioconductor, ou décentralisés via les nombreux référentiels git disponibles sur le Web.

Après une présentation générale de R, nous verrons comment les piliers de la science ouverte Software Heritage/HAL permettent de figer l’état d’un package sur le très long terme afin de publier des résultats scientifiques.

16h30 - 17h00 Pause - café

• 17h00 Table ronde : reproductibilité en IA